As colônias de fundação de camundongos e ratos são mantidas em Unidades Isoladoras, tipo Trexler, de pressão positiva. Nesta área estão instaladas 60 unidades isoladoras flexíveis, onde são mantidas diferentes linhagens de camundongos e ratos S.P.F. e uma linhagem de camundongo axênica.

Na área de quarentena são alojadas matrizes de camundongos e ratos provenientes de outras instituições, de interesse para a pesquisa biomédica da UNICAMP, que poderão ser submetidas às técnicas de descontaminação (histerectomia asséptica em unidade isoladora ou transferência de embriões). Após a descontaminação sanitária e Certificação sanitária os animais são transferidos para a colônia de fundação.