O CEMIB foi projetado e edificado segundo normas internacionais para Centros de referência. Esta edificação garante que as colônias de camundongos e ratos sejam criadas dentro de um eficiente sistema de barreiras que impede contaminações.
O Centro esta equipado para manter animais com diferentes padrões sanitários: axênico (livre de germes) e S.P.F. (livres de agentes patogênicos especificados). O Centro possui um rico patrimônio genético, são mantidas diferentes linhagens entre camundongos e ratos imunocompetentes, transgênicos, Knockouts, com diferentes níveis de imunodeficiência, e uma linhagem de camundongos axênica (Lista das Linhagens e Ratos mantidas no CEMIB).
O Centro é constituído por duas Divisões:
Matrizes e Produção de Animais SPF.
A Divisão de Matrizes de camundongos e de ratos S.P.F. é formada pelas áreas de Quarentena, Colônias de Fundação e Expansão de Matrizes, respectivamente Áreas A2, C2 e C1. A Divisão de Produção e constituída pelas Áreas B1, B2 e Área de Expedição de animais SPF.
Estas áreas técnicas denominadas de blocos são interligados por uma área comum com serviços de apoio, administrativos e laboratórios de controle genético, criopreservação e transgênese. Cada bloco foi planejado para funcionar como uma unidade autônoma e independente, dotado de um gradiente de pressão positiva de ar filtrado e climatizado, evitando contaminações transmitidas pelo ar externo às áreas destinadas à criação e manutenção de animais.
Assim sendo, o CEMIB é dividido em Áreas Técnicas com sistemas de barreiras gradativas, isso significa que, conforme aproximamos em direção às câmaras de criação de animais, maior é o rigor do sistema de barreiras.
Em cada bloco existem duchas e roupas esterilizadas de uso obrigatório, precedendo o acesso à área de criação, duas autoclaves de dupla porta e câmaras de criação. Cada câmara possui duas portas uma de entrada e outra de saída, sua abertura se dá por acionamento eletrônico, impedindo a despressurizarão das salas de animais, obrigando um fluxo unidirecional.
Possuem pass-through, (sistema de passagem ou troca, utilizada para a passagem de produtos entre dois ambientes diferentes, impedindo a troca de ar e o risco de contaminação cruzada), tanques de passagens para desinfecção de materiais. As entradas possuem sistema de portas duplas, acionadas por comando elétrico, quando ocorre à abertura da porta uma cortina de ar é acionada automaticamente. .