El CEMIB tiene un conjunto arquitectónico capaz de producir y mantener modelos animales de padrón sanitario y genético de alto nivel. El edificio principal, construido según las normas internacionales para Centros de Referencia cuenta con un área de 1.800 m2 y tiene una estructura para garantizar la calidad sanitaria y genética de las colonias de ratones y ratas.

Las áreas destinadas al criadero y mantenimiento de los animales tienen: autoclaves de doble puerta, tanques de pasaje para la esterilización de materiales, sistema de dobles puertas, accionadas por comando eléctrico, impidiendo la despresurización de las salas de criaderos de animales y asegurando un flujo unidireccional, sistemas de baño y ropa esterilizadas de uso obligatorio, antecediendo el acceso al área del criadero, equipos como unidades aislantes de la presión negativa, positiva y rack ventiladas.

El centro tiene también laboratorios de control de calidad sanitario, genético y ambiente para perros, además de área de producción y almacenamiento de material para la cama de los animales.